Il y a maintenant quelques années, une jeune fille du nom de Yûki fut attaquée par un vampire... puis secourue par un autre. Une dizaine d'années après, la fille adoptive du dirigeant de l'Académie CROSS, Yûki Cross, est devenue une gardienne de la race des vampires. Elle protège Kaname Kuran, son salvateur, du monde des humains. Cependant, Zero Kiryû, son meilleur ami, est conscient de l'existence des vampires. Il les hait plus que tout car ils ont massacré tous ceux qui étaient chers à son cœur. Yûki commence alors à se poser des questions quant à la vraie nature de ces vampires qui ont décimé la famille de son meilleur ami : Sont-ils réellement bons ? Représentent-ils un danger quelconque ? L'amour qu'elle se met à ressentir envers Kaname serait-il un amour interdit ?