L'histoire se déroule dans un monde futuriste où les hommes ont définitivement abandonnés la Terre, devenue une boule de glace. La civilisation humaine a perduré dans l'espace, conquérant d'autres régions spatiales. Mais au cours de leurs conquêtes, les humains se sont fait un ennemi redoutable, connu sous le nom de "Hideauze". Pour combattre, les hommes ont formés une alliance galactique. Red est lieutenant dans cette armée. Alors qu'il n'a que 16 ans, il n'a presque toujours connu que les champs de bataille. Lors d'un combat décisif, les humains sont vaincus et Red se retrouve projeté dans une distorsion spatio-temporelle. A son réveil, six mois se sont écoulés. Lui et Chamber, son arme, ont été recueillis par l'équipage du Gargantia, un étrange "navire" parcourant les mers de la planète Terre.