En 1939, les Neuroi, une espèce d'origine inconnue mettent l'humanité en danger. Plus tard l'homme invente une arme anti-neuroi appeler 'Striker Unit' utilisant le pouvoir de la magie pour combattre les monstres, cette outil décuple les pouvoirs d'une sorcière, et de son balais. Des jeunes filles sont réunies dans le monde entier pour former une élite appelée 'Strike Witches'.