L'histoire se déroule en 2013 et prend place à No. 6, une ville considérée comme étant l'idéale. Shion, un jeune garçon, a été proclamé "celui à l'intelligence la plus remarquable" quand il avait deux ans. Cette qualité l'a autorisé à vivre dans un secteur plutôt luxueux nommé Cronos. Beaucoup plus tard, à la nuit de son douzième anniversaire, il fait la rencontre de Nezumi, un adolescent comme lui, qui venait de s'échapper d'une maison de correction. Shion vise alors l'objectif de le sauver, mais lorsque celui-ci est accompli, le Bureau de Sécurité publique prend la mesure de supprimer tous les privilèges de Shion et décide ainsi de l'envoyer à la Ville Perdue. Quatre ans après l'exil, un accident des plus étranges conduit Shion à un secret concernant No. 6...