Orphelin et adolescent solitaire, Natsume voit des yôkai, êtres surnaturels japonais, depuis son plus jeune âge. Son existence, peu ordinaire, bascule lorsque les yôkai se mettent à le traquer sans relâche et qu'il hérite d'un étrange carnet lui permettant, non seulement, de commander aux êtres surnaturels, mais aussi d'avoir droit de vie et de mort sur eux. De quoi susciter bien des convoitises...