Nagi no Asukara suit l'évolution de 5 adolescents : Hikari, Manaka, Chisaki, Kaname et Tsumugu. Ils étudient dans le même collège mais 4 d'entre eux ont la particularité de vivre à Shioshishio, un village sous-marin. En effet, dans ce monde, certains humains peuvent vivre sous l'eau grâce à leur Ena, qui leur permet de respirer sous l'eau. Malheureusement, les relations entre ces humains et ceux de la surface sont parfois un peu tendues et les adolescents peinent à trouver leur place.