Miharu Rokujo est a priori un jeune garçon banal. Une technique secrète extrêmement puissante de Hijutsu, est scellée en lui : le Shinrabansho. Un clan composé de dangereux ninjas appelé "Kairoushuu" est à la recherche du Shinrabansho pour en prendre le pouvoir, ils ne sont pas les seuls dans ce cas... Kumohira Thobari Durandal, un Jounin mais aussi un professeur d'anglais au collège Banten, souhaite que Miharu se décide à rejoindre l'association du club de ninja du collège. Kouichi Aizawa, un jeune ninja du même âge que Miharu, créateur de ce club et Kumohira le responsable, vont former Miharu dans le but d'en faire un ninja puissant. Il pourra ainsi apprendre à se défendre afin de devenir le Roi de Nabari (Nabari no Ô) du monde des ninjas (Shinobi no Sekai). Shimizu Raimei, une jeune Samouraï les retrouve un peu plus tard pour renforcer la protection du futur Roi de Nabari. Mais Miharu aura a faire a des ninjas de plus en plus puissants, ce qui pourrait faire ressurgir le passé qu'on lui a effacé...