L'histoire se passe dans un proche avenir, dans un monde né de l'imagination humaine où les fantômes et esprits qui sont censés être fictifs existent réellement et sont visibles. Ces esprits se nomment 'Phantoms.' Dans ce monde nous suivons Haruhiko Ichijo, qui est un élève de première année de l'Académie de Hosea qui passe ses journées avec une autre lycéenne nommée Mai Kawakami.