Madoka Kaname est une jeune collégienne de 14 ans, fréquentant l'établissement de la ville Mitakihara. Elle a une vie ordinaire : sa famille, de proches amis, des moments de joie et des moments de tristesse. Un jour ordinaire comme les autres, elle fait une extraordinaire rencontre. Celle-ci est-elle due au hasard ou était-elle inéluctable ? Elle ne connaît pas encore la réponse, mais cette rencontre va changer sa vie et son destin. C'est ainsi que commence l'histoire d'une nouvelle magical-girl.