L'histoire se déroule dans la ville de Kamihama. Des Magical girls s'y rassemblent, guidées par un pouvoir mystérieux. Elles y acquièrent un nouveau pouvoir offert par la sorcière et peuvent ainsi se battre avec. Iroha Tamaki, une adolescente, est venue dans cette ville pour chercher sa sœur Ui, qui a disparu du jour au lendemain. Elle commence à fouiller les moindres recoins de la ville avec l'aide d'autres Magical girls.