La jeune Shita est retenue prisonnière dans un dirigeable en plein ciel par des hommes qui cherchent à percer le secret dont elle aurait la clé. Profitant d'une attaque de pirates du ciel, elle tente de s'évader mais glisse et tombe et grâce au pendentif qu'elle a autour de son cou, voltige dans les airs. Pazu, un jeune garçon intrépide qui travaille à la mine, la voit tomber du ciel, entourée d'une aura émanant de son pendentif. Bientôt, elle avoue à Pazu qu'elle est la descendante des souverains de la mythique cité de Laputa, le château dans le ciel...