Himura Kenshin est un vagabond au passé sombre qui vit désormais pour se repentir de ses crimes antérieurs. En effet, Kenshin, autrefois connu sous le nom de Hitokiri Battosai, était un assassin qui a contribué à l'avènement de l'ère Meiji. Son voyage l'amène à Tokyo où il fait la rencontre de Kaoru, une jeune femme qui tient un dojo où on pratique le Kendo. Il rencontrera également Yahiko, un jeune voleur, et Sanosuke Sagara. Ensemble, ils affronteront de nombreux ennemis que Kenshin a rencontré dans le passé.