L'espèce humaine a perdu le contrôle des mers du monde entier face à une mystérieuse organisation nommée 'Deep Sea Fleet'. La seule riposte possible pour l'humanité réside dans l'utilisation des 'Kan-Musume', des filles qui possèdent les esprits d'anciens navires de guerre... Ces 'Kan-Musume' sont réunies à la base de Chinjufu où elles doivent vivre ensemble, travailler et suivre une formation. C'est en ces lieux qu'arrive Fubuki, une jeune fille qui a en elle l'esprit d'un navire de type destroyer.