A l'époque Edo, les samurai étaient respectés de tous, mais la venue des Amanto (aliens) a entraîné la déchéance des samurai avec l'interdiction du port de l'épée. Mais un jeune garçon du nom de Sataka Gintoki décide de vivre à sa manière en devenant un free-lancer (personne qui accepte des petits boulots pour rendre service). Accompagné de ses deux amis Kagura et Shinpachi, ils vivent et se battent en tant que hors-la-loi.