L'histoire d'Eden's Zero prend place dans un monde fictif mais futuriste où les aventuriers et les explorateurs naviguent à travers le cosmos pour effectuer diverses missions. Shiki Grandbell est un étrange jeune homme qui a fait la rencontre de Rebecca et de son chat Happy sur sa planète natale, Grandbell. Ensemble, ils voyagent à travers le cosmos afin de rencontrer Mother et ainsi devenir les premiers aventuriers à accomplir cet exploit.